В Архангельской епархии новый Владыка

20 июня 1985 был пострижен в монашество в Свято Троице-Сергиевой лавре с именем Даниил — в честь преподобного Даниила Московского. 3 июля 1985 рукоположен во иеродиакона, 28 августа 1986 — во иеромонаха. В 1988 окончил МДА со степенью кандидата богословия. 26 мapтa 1988 возведен в сан игумена, 29 декабря 1989 — в сан архимандрита. В 27 лет был назначен благочинным Троице-Сергиевой лавры. 11 ноября 2001 г. в Москве в Храме Христа Спасителя хиротонисан во епископа Южно-Сахалинского и Курильского.

Так оценивал ситуацию в епархии и настроения паствы:

«Очень сильно развращает среда. В городе Шахтёрске ко мне подошёл начальник милиции: что ж такое, говорит, за неделю четыре суицида в школе. Двух сняли, двое повесились. Девочек насилуют по выбору. Просто кошмар. Собирают на общак. Такая безнадёга… И понятно, что ни один сытый, холёный священнослужитель даже под дулом автомата не пойдёт на эту Голгофу. Мы хотим, чтобы у нас сразу была Пасха. Но дух у нас сейчас, к сожалению, угасший. Во многом это последствия того семидесятилетнего пленения, после которого наша Церковь только-только начинает приходить в себя».

Прибыв в епархию, одним из первых своих указов отменил фиксированные платы за крещение и за венчание, распорядившись ограничиваться лишь добровольными пожертвованиями. По его инициативе в епархии не повышались цены на свечи, несмотря на инфляцию — все эти меры связаны с бедностью большинства прихожан. При нём были построены храм на острове Шикотан и часовня в Тятине на острове Кунашир — территориях, на которые претендует Япония. Они стали своеобразными символами российского присутствия на этих островах. В 2004 на Сахалине был открыт филиал Православного Свято-Тихоновского гуманитарного университета.

Убеждённый сторонник активизации миссионерской деятельности Русской Православной Церкви в условиях конкуренции с сектантскими и инославными проповедниками, обладающими значительными финансовыми возможностями. Так, вспоминая о первом посещении епархии, он рассказывает:

«Когда меня подвезли к собору, я сказал что это не собор, а часовня с алтарём — маленькая, невзрачная, серая. Позже мы проехали по проспекту Победы и увидели новое здание, красивое, большое — католический костёл. Это был вызов. Вызов не только Православной Церкви, но и российскому государству».